A parceria entre a PRÓ-IFF e as instituições apoiadas (IFF e UENF) possibilita a negociação e execução de projetos, tanto na esfera pública, quanto na privada. A Fundação emprega a sua capacidade técnica para apoiar os projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estimular à inovação na gestão administrativa e financeira, enquanto as instituições apoiadas atuam na produção, disseminação e compartilhamento de conhecimentos gerados em atividades de desenvolvimento científico e tecnológico, desenvolvimento institucional, ensino, extensão, pesquisa e inovação.
O alinhamento desta parceria é materializado no instrumento contratual que define o papel de cada participante.
Os projetos apoiados pela Fundação se originam nas instâncias administrativas das instituições apoiadas, sejam nas coordenadorias de cursos técnicos, de graduação e pós-graduação, em laboratórios ou grupo de pesquisa, por iniciativa individual de servidores docentes ou técnicos administrativos.
